Theo kế hoạch ban đầu, giai đoạn 2 sẽ tập trung xây mới đoạn Km93+350 - Km121+060, đồng thời mở rộng khoảng 70km nền đường đã đầu tư từ giai đoạn 1, nâng từ 13,5m lên 17m, bổ sung làn dừng khẩn cấp.
Từ ngày 26/7, xe lưu thông trên cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình khi qua công trường nút giao Phú Thứ (Hà Nam cũ) được đi dưới tầng hầm của dự án. Đây cũng là nút giao đầu tiên của cao tốc Bắc - Nam từ Hà Nội về Hà Tĩnh đi ngầm.
Một trong những nguyên nhân khiến chi phí phát sinh lớn như vậy là do yêu cầu trong hợp đồng, buộc HS2 phải hoàn trả mặt bằng về trạng thái gần như ban đầu – bao gồm lấp lại các hố khoan và phục hồi cảnh quan tự nhiên.
Dự án được khởi công đồng loạt vào ngày 1/1/2023 và dự kiến sẽ hoàn thành, thông xe toàn tuyến vào cuối năm 2025 theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ.
